KKTM Chu Lai bao gồm tiểu khu thuế quan và phi thuế quan. Tiểu khu phi thuế quan (hay khu cảng tự do) gắn với cảng Kỳ Hà gồm các hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu và hàng phục vụ tại chỗ (cả gia công, tác chế), thương mại hàng hóa (gồm cả xuất khẩu, nhập khẩu, chuyển khẩu, tạm nhập - tái xuất, phân phối, siêu thị bán lẻ), thương mại dịch vụ (phân loại, đóng gói, vận chuyển giao nhận hàng hoá quá cảnh, bảo quản, kho tàng bưu chính, viễn thông, tài chính, ngân hàng, vận tải, bảo hiểm, vui chơi, kho giải trí, nhà hàng ăn uống) xúc tiến thương mại (giới thiệu sản phẩm, hội chợ triển lãm; đặt chi nhánh, văn phòng đại diện của các công ty trong nước và nước ngoài, bao gồm cả các tổ chức tài chính, ngân hàng) và các hoạt động thương mại khác.

Khu thuế quan có các khu công nghiệp, khu chế xuất, khu giải trí đặc biệt, khu dịch vụ, khu dân cư và hành chính (theo Website KKT)