Định hướng không gian phát triển các đơn vị ở của huyện Nhà Bè được quy hoạch như sau:

Cụm I: Khu vực phía Đông huyện Nhà Bè, giới hạn bởi sông Nhà Bè - Soài Rạp, Mương Chuối, rạch Dơi và sông Phú Xuân, gồm xã Phú Xuân và thị trấn Nhà Bè;

Cụm II: Khu vực phía Bắc huyện Nhà Bè, giới hạn bởi rạch Tắc Bà Phổ, rạch Dơi, rạch Long Kiển, rạch Ông Bốn, rạch Bà Tánh, rạch Cây Khô, rạch Ông Lớn, gồm toàn bộ xã Phước Kiển;

Cụm III: Giới hạn bởi cụm II ở phía Bắc, sông Mương Chuối ở phía Đông, ranh xã Long Thới ở phía Nam, rạch Tôm và rạch Ống Theo, bao gồm một phần xã nhơn Đức và một phần khu đô thị GS;

Cụm IV: Khu vực phía Nam huyện Nhà Bè, gồm toàn bộ xã Hiệp Phước;

Cụm V: Khu vực phía Tây huyện Nhà Bè, phía Đông, Nam giới hạn bởi rạch Cây Khô, rạch Bà Tánh, rạch Ống Theo, ranh giới giữa xã Nhơn Đức và xã Long Thới, sông Mương Chuối, sông Soài Rạp và sông Đồng Điền, phía Tây giới hạn bởi ranh huyện Nhà Bè, gồm toàn bộ xã Phước Lộc, một phần xã Nhơn Đức và toàn bộ xã Long Thới.

Nằm ở phía Nam của TP.HCM, huyện Nhà Bè có phía giáp huyện Long Thành (tỉnh Đồng Nai) và huyện Cần Giờ; phía Tây giáp huyện Cần Giuộc (tỉnh Long An) và huyện Bình Chánh; phía Nam giáp huyện Cần Giuộc (tỉnh Long An) và huyện Cần Giờ; phía Bắc giáp quận 7.